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La période de
paix annoncée dans Metal Gear 2 n'a pas eu lieu, si bien qu'en l'an
2010, le réarmement atomique est en pleine effervescence. Un camp
militaire des États-Unis établi sur l'île de Shadow Moses en
Alaska est assiégé par une faction terroriste au moment même
où sont réalisés des tests sur une arme secrète. Il semble
intéressant de remarquer que la faction en question est dirigée
de renégats du groupe FOXHOUND, l'ancienne unité de Solid Snake.
Des hauts fonctionnaires et des représentants d'entreprises,
présents pour assister à ces tests, sont pris en otage. Les
revendications des terroristes sont simples, et reflètent néanmoins
un certain mystère : si la dépouille de Big Boss ne
leur est pas remise dans les prochaines 24 heures, une ogive
nucléaire sera mise à feu. Une fois de plus, l'ancien dirigeant
du groupe Fox Hound, Roy Campbell, sollicite Solid Snake en lui
commandant d'infiltrer le repère, de libérer les otages et
d'anéantir la force de frappe atomique des terroristes.
Snake est consterné lorsqu'il découvre que le dirigeant de
l'attaque n'est autre que Liquid Snake, un agent qui porte le
même nom de code " Snake " et présente presque les
mêmes caractéristiques physiques que lui. Liquid est entouré
d'un groupe des meilleurs agents de Fox Hound, parmi lesquels
figurent l'expert en revolvers et en torture Revolver Ocelot ainsi
que la boule de nerfs et de muscles appelée Psycho Mantis. Vulcan
Raven, Sniper Wolf et Decoy Octopus complètent la troupe. En
outre, Liquid Snake dirige une légion de soldats du génôme, des
soldats dont les gênes ont été modifiés pour améliorer leurs
capacités physiques. À la lumière de leur aptitude à manipuler
les gênes, les exigences des terroristes quant à la dépouille
de Big Boss, le " soldat légendaire " s'éclaircissent.
Snake franchit avec succès les dispositifs de sécurité du
repère et localise les otages. Il apprend que les tests
réalisés sur l'île s'appliquent à un nouveau modèle de Metal
Gear, nommé Metal Gear Rex. À présent, la mission de Snake est
de repérer ce nouvel appareil et de le détruire. Sur son chemin,
il rencontre une série de personnages très intéressants, dont
Meryl Silverburgh, la nièce de Roy Campbell et un soldat très
peu expérimenté, ainsi que Hal Emmerich, alias " Otacon
", chef des scientifiques affiliés au projet Metal-Gear-Rex.
Un mystérieux Ninja cybernétique épie également Snake et les
terroristes, plus tard celui-ci se présentera sous le nom de Grey
Fox, que l'on croyait mort jusqu'à cet instant.
Snake remporte la victoire sur tous les anciens agents du groupe
Foxhound à l'exception de Revolver Ocelot, qui prend la fuite
après avoir perdu une main au cours du combat contre le Ninja.
Par la suite, Snake parvient à détruire Rex, mais Liquid Snake
lui tient tête et lui dévoile un terrible secret sur les
origines communes. Ils sont tous deux des produits génétiques
issus du projet " Les Enfants Terribles ", ils ont tous
deux été conçus par des scientifiques à partir de matériel
génétique de Big Boss, le légendaire soldat. Malgré sa quête
morale contraire à ses actes, Solid Snake ne vit que pour le
combat. Après le décès apparent de Liquid, Snake et Meryl
s'échappent de justesse et disparaissent sous le coucher du
soleil.
Après l'accalmie, le joueur est encore gratifié d'un bref
communiqué de Revolver Ocelot, qui s'adresse justement au
Président des États-Unis. C'est alors qu'il apparaît évident
que, pendant tout ce temps, Ocelot a joué le rôle d'un agent
double. Mais pis encore, le président Solidus est lui aussi un
produit issu du projet " Les Enfants Terribles. " Nul ne
sait ce que cette nouvelle réserve au futur de Solid Snake, nous
l'apprendrons très prochainement mais une chose est sûre, les
deux personnages seront indubitablement amenés à se revoir...
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