Un premier prototype de Rex a été produit. Ses possibilités d'exécution et de lancement ont été simulées dans des conditions théoriques, mais il fallait des informations réelles. Et un exercice secret dans une base en Alaska permettait de fournir ces données nécessaires. Mais des terroristes ont attaqués la base. Le prototype de Metal Gear Rex fut détruit. Cependant, ce prototype ne serait pas le seul modèle en développement...

La plus intéressante possibilité de Rex était sa capacité à lancer des ogives nucléaires. Le module sur son dos permet de stocker jusqu'à huit missiles. La plupart des gens pensaient que Rex était prévu  pour le Theater Missile Defense (TMD) et ne lancerait des missiles que pour arrêter des missiles tactiques à courte portée. 

Rex a des missiles antichars sur ses "genoux". Les armes secondaires étaient un canon Vulcain et un laser situé sur son "ventre".

Le poste de pilotage de Rex est situé dans sa "tête".  On est enfermé hermétiquement et des sondes électroniques créent une simulation de l'extérieur du cockpit, subissant une mise à jour en temps réel. Les sondes sont situées dans une structure appelée le "radôme", qui ressemble à un bouclier sur le bras gauche de Rex. Le pilote est exposé aux attaques extérieures si le radôme est détruit car le cockpit s'ouvre pour lui permettre de voir. 

Rex a une arme impénétrable contre les petites armes et la majorité de l'artillerie explosive. La seule arme pouvant infliger des dégâts majeurs à Rex est un missile High Explosive Anti-Tank (HEAT). Rex a probablement aussi un système de défense pouvant fonctionner dans une guerre nucléaire, biologique ou chimique (NBC).

Metal Gear Rex peut lancer une ogive nucléaire de n'importe où à n'importe quel moment et ses lancements sont invisibles à chaque système de détection existant. Cela fait donc de Metal Gear Rex l'outil militaire et politique ultime car ses possesseurs pourraient effectuer une attaque nucléaire sans être jugé responsable. D'ailleurs, Rex pourrait éviter officiellement de violer des règlements internationaux car sa méthode de mise à feu d'ogives ne le classifie pas comme étant une arme nucléaire.