2010. Après l'incident de Shadow Moses, les données de Metal Gear Rex se sont vendues sur le marché noir international à cause de Revolver Ocelot. 

C'est ce qui poussera la création du groupe Philantropy, groupe anti-Metal Gear. C'est là que l'on retrouve Solid Snake et Otacon, survivants de l'incident de Shadow Moses. Otacon apprend l'existence d'un nouveau Metal Gear amphibien, capable de détruire tous les autres Metal Gear. Il sera transporté par un cargo qui passera par New York. C'est là que Snake, du pont George Washington, sous une pluie battante, infiltrera le tanker Discovery. Sa mission : prendre des photos du Metal Gear afin de révéler au monde entier l'existence de Metal Gear. Mais l'arrivée d'un commando de militaires risque de poser problèmes. Ils se débarassent des quelques membres de l'équipage et prennent le contrôle du bateau. L'objectif de ces hommes est de prendre possession du Metal Gear situé dans les cales du navire.

Deux ans plus tard, après le crash du tanker dans la baie de New York, une importante catastrophe naturelle oblige la construction d'une gigantesque structure surnommée "Big Shell" dans le but de récupérer les tonnes de pétroles. Un groupe armé, la Dead Cell, ancienne unité fantôme de la Navy Seal prend possession de l'immense structure. Des russes seraient peut-être aussi dans le coup. En tout cas, ils ont des otages très influents, dont le Président des Etats-Unis... Ils menacent de faire exploser la Big Shell si une rançon de 30 milliards de dollars ne leur est pas remise. La destruction du complexe serait écologiquement très grave. Deux groupes de Navy Seals sont envoyés sur les lieux. Mais il y a un homme travaillant seul qui infiltre le gigantesque complexe, dans le secret, Raiden...