Il y a une centaine de missions alternatives qui se passent dans les secteurs de MGS2 : le tanker, la Big Shell et Arsenal Gear. Progressivement, elles devient plus difficiles. 

- Hold Up Mode : vous devez faire lever les bras des gardes avec le "Freeze" qui marche toujours.

- Bomb Disposal Mode : il faut trouver les bombes et les geler avec le coolant.

- Elimination Mode : il s'agit de tuer tous les ennemis.

- Photograph Mode : vous devez prendre les photos demandées, photos facilement ou difficilement réalisables.